Тоже на сайте такая хрень висела, думал ломанули мой сайт конкуренты. Но оказалось нет. На файлах index.html и index.php владельцем был root. Если б отдельно мой сайт ломанули был или мой юзер или apache. Чуть позже легла база, но админы быстро восстановили.
Нужно почаще делать бекап.
