Я бы делал на каком нибудь фреймворке, ZF, Yii, Symfony они дадут гибкость проекту и масштабируемый в будущем, но нужен не скромный бюджет и постоянного работавшего программиста над проектом.
Нужно найти рабочий dll и прописать его в php.ini вроде все. Переходите на linux=)
На html5 можно сделать что угодно если есть желания и средства, думаю его и стоит выбрать.
http://hakim.se/experiments/html5/particles/02/
http://kennethjorgensen.com/canvas/tree.html
Все реально, все завесит от верстки где будет шаблон выводится, хоть в шапки если нужно
Если такая задача встала то значит что то не так выше уровнем, не надо лепить не знаю что ищите проблему
Да дамп походу всех переменных, если это ваш сайт то обязательно лучше убрать это и побыстрее.
Не особо понятно по вашему описанию, какой плагин используется, как ставится перелинковка, как она попадает в комменты..
В коде посмотрите или урл надо.
На мой взгляд это не удобная вещь, себе ставил один раз попробовал поставить брекпоинт и все, лучше не ставте =) По установки не могу ничо сказать ставил на ubuntu, в вашем случае попробуйте DDL другою.
Я думаю что можно удалить таблицу например, если правильно подобрать. Вобшем в любом случае предъявляйте автору=)