Тогда есть 2 варианта.
1. Развести флуд, в котором ТС будет что-то невнятное писать.
2. Обратиться к специалисту, и за день-два всё исправить.
Старые версии модуля "переходы" были уязвимы.
Смотрите access.log - сразу найдете где был взлом.
А вообще вариантов много:
FTP
Дыра
соседи по хостингу
Перенести - совершенно не сложно.
Сохранить текущий функционал может быть сложнее.
Погуглите, что-то где-то видел, но не помню.
В принципе можно и написать.
Если не найдете ничего - пишите в личку, обсудим.
Дата изменения файла легко меняется.
Надо просто написать скрипт, который будет раз в день проверять все папки и файлы и сравнивать md5 (к примеру).
Сразу следует учесть возможность исключать папки, к примеру с загружаемыми файлами, чтобы лишнего не было.
Смотрите мод быстрый ответ, там это частично реализовано.
С ТЗ надо серьёзно поработать, чтобы не было потом претензий.
Дальше, если готовы менять движок, надо писать ТЗ с "0", то есть написать абсолютно всё, что необходимо, потому что пытаться выяснить все компоненты, которые уже реализованы - долго.
siv1987, видел ссылку, но там регистрироваться надо, чтобы прочесть.
Forum, вечерком гляну и напишу вам, но имхо много не нужным и непонятных вещей.
Я ТЗ вашего не видел.
Без него как-то сложновато что-то делать.
Скиньте свои координаты и ТЗ, а там видно будет.
По хорошему, если менять диз, или делать с 0 - то там весьма много шаблонов )
И небольшая путаница в стилях, повторы одних и тех же стилей.