Ситуация похожа, изменение пароля фтп и прав на файл main.tpl не помогает. Код с ссылкой на js вставляется непосредственно движком. Хочу заметить, что из многих ДЛЕ сайтов на хостинге ломается только один, с наибольшими пузомерками в ПС. Периодически после стирания кода робот опять возвращается. В итоге Яндекс выкинул сайт полностью из индекса и забрал все тицы, Гугл выбросил из топов. И оказался сайт с нулями посетителей. Версия дле нуледовая, видимо здесь бока. Покупайте лицензию, типа.
