Изменение позиции в топах - вполне естественная движуха, не парьтесь из-за мелочей. Продажную ссылку и без перемещения вычислят)
У меня толстячки на DLE с тегами живут в Яндексе очень хорошо, и траф именно на теги идет приличный. Думаю, их не всегда нужно закрывать. Тем более у тегов уникальные названия, собирающие траф. А pages, на мой взгляд, тупо дублируют контент(если в shortstory выдается тоже самое, что уже есть в fullstory) и не несут никакой пользы, их можно и закрыть. Если на них идет траф, Яндекс врядли будет их резать, поэтому лучше наверное не делать резких движений, если сайт, как Вы говорите, старый.
Помнится у меня была такая проблема, дело было в компоненте ЧПУ. Решение нашёл быстро на каком-то из джумлафорумов.
Тоже интересен этот вопрос. litedope, расскажите потом, что получилось :)
Кстати, на хостинге Beget есть быстрая автоустановка CMS, можете одним кликом поставить почти любую и быстро посмотреть. И ещё там есть бесплатный тестовый период. Покрутите, посмотрите, если понравится - оплатите)
А вообще, что джумла, что вордпресс для серьёзных сайтов сыроваты, придётся хорошо поработать напильником.
Мой блог получил Pr1 ещё до того, как на его домен был повешен сайт. Просто оставлял линк в комментариях на блогах. До меня домен зарегистрирован не был. Вывод - для наращивания PR не обязательно вешать сайт. С тИЦем, похоже, не всё так просто :)