А нормально, если в Яндекс-вебмастер "Структура сайта" есть только один раздел с главной страницей сайта?
Раздел: нашсайт.ру
Загружено страниц: 500 000
Доля загруженых (%): 100%
Страниц в индексе: 90 000
Уровень вложенности сайта "1": нашсайт.ру/любой_раздел_или_страница
Есть подозрение, что где-то косяк. Может кто помочь с направлением поиска?