Могу ответить исходя из опыта, не далее как две недели назад три сайта одной компании склеили и теперь по одинаковым запросам выдается только один сайт из трех.
По идее если запросы у Вас не будут пересекаться, то ничего страшного, но сделать разные контакты и скрыть данные в WHOIS это правильно в любом случае.
Получается один сайт можно в мусорный пакет и на помойку?
Кстати, есть ли смысл писать в Яндекс, чтобы уточнить действительно это аффилиация?
