Аналогичная проблема с Webasyst. Дело в том, что не ЧПУ ссылку яндекс каким то образом (через внутренние ссылки) находит раньше. После того, как он найдет страницу на нормальном адресе, он склеит две страницу с адресом ЧПУ страницы. (так случалось почти всегда)
В аське могу поподробнее расказать. три-два-три 1024
