Других советов без потерь нет.
Или сделайте на поддомене и на новой базе копию сайта, работайте с ней, а основной сайт не трогайте. Когда всё завершите, сделаете поддомен основным или перезальёте файлы.
Ваши вопросы из разряда "Я тут где-то прочитал что-то, ничего не понял, но вы подскажите нужно ли делать или нет, а разбираться мне неохота".
Закрывать меню от индексации нужно если вы не хотите продвигать разделы.
Если ссылка на главную есть в логотипе, то отдельной её ставить необязательно, это вы уж решите для себя, каждый ли пользователь догадается, что она там есть.
Судя по вопросам вы даже не в курсе, что такое перелинковка и зачем она вообще нужна. Поиск в помощь, начните с теории, и все ответы появятся сами собой.
Ссылки с редиректов "/engine/go.php" принято закрывать в файле robotx.txt
Вспоминайте, что делали до того, как перестало работать, списочек и в обратном порядке назад. Или бэкап ищите.
На какое время?
А какая цель? Говносайт под Гугл?
Зачем быть, как все? Выделись! Сделай фиксированную ширину - 1920! Или вообще с запасом на будущее - 2560!
Если на домен .com вы закупали ссылки или просто были естественные, то его лучше не отключать никогда (если ссылок много и изменить их нельзя).
По моему мнению лучше сделать по второму вашему варианту, но немного по другому:
2 вариант:
1) паркую домен на сервере в новую папку
2) кидаю туда шаблон
3) прикрепляю к этой же базе данных
4) получаю как бы два разных сайта с общей базой данных
5) у обоих прописываю в robots в host главное новое зеркало .ru
8) потом делаю 301 редирект с .com
6) жду когда все склеится 4-6 недель
7) сообщаю в яндекс каталог о новом зеркале
Так делать не нужно, 301 редирект делается в файле .htaccess. Юзай поиск по форуму, миллион раз обсуждалось, что и как.
В роботсе домены .рф (и вообще кириллические буквы) пишутся только в Punycode, вот ссылка на конвертер http://teimos.ru/x/punycode/
А какой второй?
Они вам лично мешают или по вашему мнению чем-то мешают? Какой вред от них вы видите?