Влияют. .
По какому запросу, по тому, по которому посетители заходят?
Если акцент будет стоять именно на этих органах, то, думаю., могут докопаться.
А что не даёт закинуть файл в корень?
Изначально домен использовался под ленднг страницу, на которую сливался дорвейный трафик + на самом домене было несколько тысяч сабов-довреев. В WMT, разумеется, не добавлялся.
Неоднократно здесь появлялись топики, когда адсенс блокировал сайты за подобное.
Гуглу плевать на первоисточник. У кого морда шире, тот и будет сидеть выше.
Я бы переехал на другой хост. Проблема явно не ваша. Зачем хостер, у которого случаются такие проблемы.
Если ссылки покупные, то отклонять их через WMT есть смысл лишь тогда, когда они держат позиции в яндексе. Если они вам не нужны, то и отклонять ничего не нужно, просто снимите их.