Я бы запросом сначала выделил нужные поля, скажем через heidi, далее вручную экспортом и вставка в вторую бд выполнением скрипта.
Иначе:
1. Можно конечно же автоматизировать это скриптами, там понадобится выполнить много отладок, да и по времени/знаниям не мало займет.
2. Либо расписанием бэкап и вставку в бд. Тож как вариант.
ps. Попробуйте еще dbForge. база данных->копирование баз данных.
