Обычно если вручную что-то настраиваешь, то могут слететь настройки при обновлении. А так в целом можно обновлять без страха. Стандартные конфигурации обычно нормально обновляются. Но если страшно обновлять какой-то пакет можно сделать
yum --exclude=* update
Где * это название пакета,который надо исключить.
