У меня точно такая же хрень с несколькими сайтами (4 штуки НИКАКИХ ЛИНКОПОЕМОЕК И КАТАЛОГОВ), правда они в зоне msk.ru и spb.ru
Плюс еще в ночь апдейта (с 1:00 до 7:00) сайт выходит на верхние позиции и народ валит по многим запросам (видно по логам).
А утром часов в 10:00 сайта вообще нет в выдаче и количество проиндексированных страниц - 0
Видимо в конце апа включаются фильтры.
