Было нечто подобное в прошлом году: сначала нули, потом (спустя пару часов) какие-то цифры, похожие на правду, потом снова нули. В конце концов, статистика стала отображаться корректно. Технические работы, вестимо..
Можно, для успокоения, скопировать код яндекс-метрики из кабинета и заново разместить его на проблемном сайте.
