Причин может быть миллион - дубли, смена адресов на ЧПУ, консоль также смотрит по авторам, категориям и всякой такой лабуде. Я не думаю что по этому поводу стоит заморачиваться - все войдет на круги своя.
Может кто-то подскажет -есть молодой сайт, который не в индексе (пока). Имеет ли смысл тратить на него баллы из webmaster mail.ru, или лучше подождать индексации?