1. На хостинге, где находиться программа есть ограничение в 30 секунд выполнении скрипта.
Это значит, что программа выполняя операции с вашими ключами не вложилась в этот промежуток времени и хостинг остановил выполение программы. Решение: разбить файлик с ключами пополам.
2. Если вначале ячейки стоит пробел это значит, что этот ключ входит в группу название которого находиться выше. Важно: обратите внимание на 3те поле Criterion Type, если в этом поле значение 'broad - ключевое слово', то это слово входит в состав группы, если значение 'negative broad - перекрестная минусовка', то это перекрестная минусовка.
P.S. более детально прочитать про то как пользоваться группиратором можно прочитать тут
Попрошу все вопросы по поводу группиратора писать в тему: /ru/forum/comment/14074501