Просмотрите статистику по ахрефс. Возможно это какой-то сквозняк.
А чем эти два не угодили?)
Без сайта тут сложно что-то дельное сказать. Позиции у сайта сильно просыпались?
По моему мнению, Flash себя изжил. Думаю, от него окончательно откажутся в течении текущего года, максимум следующего.
Для Яндекса типичная ситуация. Попробуйте использовать ссылки из соц. сетей, чтобы ускорить индексацию.
Попробуйте обратиться в службу поддержки. Тут уже все зависит от вашего красноречия.
Раньше был очень популярен сервис просперо (прогон по твитам). Можно им попробовать.
Позиции проверяли вручную или сервисами? Исключили возможность глюков на сервисах?
Касаемо объема трафика, то тут все зависит от качества и количества размещенного материала. Иными словами, если разместите на сайте достаточное количество интересных статей, и при этом еще оптимизируете эти тексты под группы запросов, то в течении месяца сможете увидеть первые приятные результаты.
Если выбирать из вариантов, то лучше второй вариант.
Я думаю, что лучшим будет третий вариант - сайт один, а категории по городам вшиты в структуру сайта.
Первый вариант, как мне кажется, не подходит по той причине, что вы помимо городов еще планируете продвигать каждый сайт по стране (как я понял, страна одна и та же), то есть сайты будут пересекаться по запросам. В связи с этим можно в теории получить аффилиат фильтр.