Не надо менять kern.argmax пакуйте без зведочки просто, т.е. всю папку. Если требуется только внутри папки. то используйте трюк с ".", а сам архив вне папки.
Например:
С сессиями или куки проблем нет ?
самые быстрые и легкие варинты - tar / rsync (архивирование / копирование)
поставьте GUI https://git-scm.com/downloads/guis к git или github на виндоус и используйте ее.
Панель часто помогает снизить вероятность костылей от пользователя на сервере и повышает удобство для него же.
Шифровать лучше через тот же gpg, после упаковки через tar.
Если вы хотите, чтобы не грузило сервер выполнение команды, то лучше использовать ionice.
Пароль к архиву вводите при запуске команды.
Как минимум делайте отправку формы по ajax или меняйте капчу.
Попросите заблокировать хостера доступ. Может стоит nginx и на его уровне это сделать. Так ж проврьте, что на код 403 нет обработчика или редиректа на динамику.
truss / strace и все будет ясно.
Ну это пока детишки не нашли ваши сайты и не влили шеллы, а потом придется обновлять все
