Странно, что пропадают конверсии.
Хочу заметить: в истории трафика Вы не увидите изменений.
После добавления исключений, Вы сможете увидеть изменения только в новых данных.
Попробуйте в коде Universal Analytics жёстко прописать домен.
ga('create', 'UA-XXXX-Y', {
'cookieDomain': 'example.com'
});
