Интересно, зеркальщика кто-нибудь дождался?
Вы хотите два сайта оставить или цель оставить только новый?
Если новый, то нужно клеить старый домен с новым, сначала через robots.txt указав Host для Яндекса, потом дождаться от него склейки, потом 301 редирект со старого сайта на новый.
Ну а если новый нуждается в поисковом трафике, то нужно снимать аффилиат фильтр для начала, а дальше уже заниматься отдельно его продвижением.
По идее контент должен быть одинаков для обеих версий сайта, разная должна быть только верстка.
Какой сайт по запросам теперь показывается выше?
Контакты на сайтах уже указаны разные?
Раз на раз не приходится, иногда пинг работает, иногда толку от него практически нет.
Попробуйте, тем более, что есть скрипты для пинга, которые делают эту работу за считанные секунды.
Google индексирует быстрее, по этому что он проиндексировал все, а Яндекс только-только начал шевелиться ничего удивительного.
Домены на которых сделаны сайты, не имеют истории? Возможно они уже существовали ранее, до того как вы их купили?
Disallow: /page/ - это постраничный переход так запрещен? Или вывод страниц?
Не то чтобы совсем критично, но если есть возможность оптимизировать длинну УРЛа, то лучше это сделать. :)
Я тоже никогда не закрываю от индексации ссылки на социальные сети, поисковики умеют различать такие ссылки, негативного влияния от них не будет точно.
А что CTR и отказы Яндекс только по метрике может увидеть? У него и других инструментов для этого хватает.
Попробуйте Мегаиндекс, неплохо проводит аудит сайта.