Стоит. У меня бил тоже такой сайт. Старые ссылки были просто ужас. Написал чпу. Далее сделал механизм редиректов со старой ссылки на новую. То есть при переходе с гугла или яндекса маршрутизатор определял по шаблонам новую ссылку и перенаправлял на неє по 301 редиректу. Сайт не упал, в течение двух месяцев кэш гугла обновился. На сайте есть 20 тыс. товаров. Все ок
зустрічався з даною ситуацією. Робив так:
Зробив ЧПУ. Так як мені механізм формування старих посилань був зрозмілий я написав маршрутизатор зі старої ссилки на нову по 301 редиректу. Тобто коли переходили з гугла чи яндекса по старій заешованій ссилці, маршутизатор визначав яку нову треба підставити і редиректив по 301. Сайт не впав навіть піднявся)