Если все 20 магазинов будут продвигаться по рызным запросам, проблем не должно быть, но вот в случае пересекающихся запросов можно подцепить "аффилиат-фильтр", так как скорее всего контктные данные и даже сама структура сайтов будут одними и теми.
Затея неплохая, если бы это было 5 лет назад - сейчас лучше вложить средства и сили в один нормальный сайт, чем сделать 20 таких себе сайтиков..
