1.
Вы видимо что-то путаете, да лицензия AmiroCMS это действитльно строчка кода в админке, но вот оплачивается она один раз при установке вашего сайта на домен. И стоит от 4 000 руб. до 23 990 руб. в зависимоти от пакета.
2. Резервное копирование вы можете делать самостоятельно хоть 3 раза на дню из админки, в разделе Сервис - Резервное копирование.
3. Система имеет определённый набор файлов и если вы их index.php (который кроме 2-х абзацев кода под зендом ничего не содержит) заменили на какой либо свой, то действительно могли возникнуть трудности. Кроме того, при обновлении системы (после выпуска новой версии), которое разработчики регулярно проводят для всех сайтов на своём хостинге, происходит замена всех файлов на ftp на новые. Так что вероятнее всего никому ваши файлы не нужны были.
4. Пропажа файлов на хостинге, вот это уже странно.. Тут надо разбираться с хостером наверное.
Обо всем этом, кстати, популярно написано на сайте самих разработчиков AmiroCMS.
