Кому интересно - решил проблему. Причина оказалась в баге joomla 3, во всех статьях был прописан тег canonical. Теперь новые статьи без проблем попадают в индекс. Яндекс, правду тупит, как обычно, но думаю и до него дойдет.
Не думаю, что АГС. Яндекс на сколько я знаю вечно не спешит с индексом. Учитывая, что главная страница появилась в индексе где-то 3 недели назад, думаю остается только ждать, пока попадут остальные. Да и не было причин для АГС ни раньше ни теперь. Вообще я больше ориентируюсь на гугл. В нем все страницы попали, кроме перечисленных выше.
