Вполне возможно, что достаточно добавить в .js </script>, так как в этом случае вызова .php и .swf не произойдёт. Правда, если вирус проверяет, например, размер файлов, то это не поможет.
Я тоже пока что закрыл на запись все папки, благо сайты редкообновляемые.
Кстати, да: у меня в логах тоже есть и .swf, и .js, которых в папках сайта уже нет.---------- Добавлено 16.12.2013 в 21:14 ----------Кстати, с этим IP связан домен sicherheitssl.com, с немецкого переводится как "безопасность-ssl". Может это кого-нибудь натолкнёт на мысли. :)
Абсолютно то же самое на Drupal 6. В логах - тот же IP:
Что если попробовать заблокировать доступ для IP 178.33.69.67?