1. Количество ядер, которое будет выделено для Вашего VPS. На что влияет, зависит от хостера и софта который они используют, вероятно что у них для VDS с "двумя ядрами" выделено в 2 раза больше ресурсов. Фактически, важнее частота (и общая загруженность серверов у них) чем количество виртуальных ядер.
2. Думаю что можно будет использовать и этот домен.
server. - это поддомен просто для захода на сервер.
В первом посте не совсем ясно где именно находится роутер, но возможно нужно загрузить эти модули:
modprobe ip_conntrack_ftp modprobe iptable_nat modprobe ip_nat_ftp
"Ждущих" режимов существует несколько разных.
Если это ноутбук, и индикатор питания мигает, то это спящий режим при котором скорее всего отключаются все USB-контроллеры для экономии батареи (в некоторых моделях - все за исключением одного порта, но на нём может быть только питание, для зарядки телефонов и т.п.).
В Windows такой проблемы небыло?
Сталкивались с ISPmanager много раз, у него часто недостаточно добавить путь в open_basedir, а нужно выставлять именно "none" в конфигурации Apache, таким образом:
php_admin_value open_basedir "none"
Также, проверьте что параметр disable_functions пустой в php.ini или закомментирован, там часто стоит такое в новых версиях ISPmanager:
disable_functions = exec,passthru,shell_exec,system,proc_open,popen
Ну и напоследок можно прописать что-то наподобие
ExtraOpenBasedir :/tmp ExtraOpenBasedir :/usr/share/php
В конец файла /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf, это должно помочь для доменов которые будут добавляться в панель в будущем (не забудьте выполнить "killall ispmgr" чтобы применить настройки).
Если поймать момент такой повышенной нагрузки, то можно попробовать посмотреть, нет ли большого количества соединений с одного IP, командами наподобие этих (будет отсортировано по убыванию):
netstat -tan | grep SYN_R | awk '{print $4}' | sort -n | uniq -c | sort
netstat -tan | grep EST | awk '{print $4}' | sort -n | uniq -c | sort
Это из самого простого, без установки модулей статистики и прочего.