Установка на сервере ffmpeg и других расширении

<Directory /var/www/user/data/www/domain.com>
        Options -ExecCGI -Includes
        php_admin_value open_basedir "/var/www/user/data:/usr/bin:."
        php_admin_flag engine on
</Directory>

аналогично в секции для domain.com

<VirtualHost :80>
...
php_admin_value open_basedir  "/var/www/user/data:/usr/bin:."
....
</VirtualHost>

После этого не делайте с WWW-доменом никаких изменений через ISPmanager, так как изменения перезапишутся.

V(o)ViK, Спасибо

если много видео конвертить, то надо 2-20 серверов ставить для конвертации, процессор при конвертации почти мертвый, особенно если качетсво файла высокое и разрешение

Сталкивались с ISPmanager много раз, у него часто недостаточно добавить путь в open_basedir, а нужно выставлять именно "none" в конфигурации Apache, таким образом:

php_admin_value open_basedir "none"

Также, проверьте что параметр disable_functions пустой в php.ini или закомментирован, там часто стоит такое в новых версиях ISPmanager:

disable_functions = exec,passthru,shell_exec,system,proc_open,popen

Ну и напоследок можно прописать что-то наподобие

ExtraOpenBasedir :/tmp

ExtraOpenBasedir :/usr/share/php

В конец файла /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf, это должно помочь для доменов которые будут добавляться в панель в будущем (не забудьте выполнить "killall ispmgr" чтобы применить настройки).