Официальный ответ Яндекса:
Проблем с индексированием сайта при автоматическом редиректе на страницы
директорий /ru/ и /en/ быть не должно, так как Яндекс умеет корректно
обрабатывать редиректы и будет индексировать русскоязычные страницы /ru/ .
