Всё очень просто. У меня такая же проблема и конечно я тоже сначала просто нашел в /wp-includes/general-template.php код:
function wp_no_robots() { echo "<meta name='robots' content='noindex,nofollow' />\n"; }
И закоментил среднюю строку.
Потом я понял, что раз функция начинается с "wp", то это какая-то стандартная функция wordpress и это должно как-то настраиваться.
Так и есть. Идем в админку, параметры, чтение.
Там есть галка: "Попросить поисковые системы не индексировать сайт". Снимаем галку.
Для примера, вот скрин:
