Изучите выдачу возможно залили шел и через него закачали дор, который и попал в выдачу. Смотрите на результаты если текст явно не ваш, то идете в указанную подпапку и смотрите что там.
Скорее всего вирус для начала запретите запись в файл установив CMOD 444. Потом поменяйте пароль на FTP, панель управления и админку. Ну и изучайте вопрос в где именно вирус или шел.
У меня подобное с фильтром-пингвином было, из-за переспама с полным вхождением ключевиков.
Если у вас сохранилась копия файлов сайта, просто перезалейте их на хостинг предварительно удалив все папки кроме картинок. Это самый быстрый способ избавиться от вируса если не очень разбираетесь в СМС.
