Disallow: *.torrent$
1. Не связаны. Т.е., если мы исключаем из выдачи аффилиат, позиция основного сайта по запросу в этом случае может быть любой. Ну а если не исключаем, то в подавляющем большинстве случаев разница в позициях 100+, как у двух страниц одного сайта.
2. Скорее всего, никакого влияния "друг на друга" по ПФ нет. Намерено созданный аффилиат на хороший трастовый сайт никакого влияния не окажет, будь у этого аффилиата хоть 99% отказов.
Странный вопрос. Вы чего боитесь то вообще?
P.S. Отсутствие метрики на сайте не помешает Яндексу снимать статистику с него, а ее наличие максимум может только уточнить эту статистику.
