Очень странно что Вы, обладая таким бюджетом (300-400к/мес) не создали сетку сателлитов под свой бизнес. А по теме мне кажется, что яндекс воспринял такие глобальные изменения с сайтом негативно (мало ли какие у них там фильтры есть, может подумал что Вы продали домен и там сейчас кто-то другой порядки наводит). Вероятность что виновны 40 купленных ссылок в ГГЛ конечно очень низка. Поэтому пока прекратите какие-либо работы по внешней оптимизации и подождите около месяца. И, кстати, по Гуглу какие показатели?