Насчет АГС не возьмусь говорить, кроме пустых категорий особо косяков не видно.
Другой вопрос, зачем два сайта с одними контактами,
http://medamed.ru/
http://tmedi.ru/
оба из которых не в индексе Я?
Чуть-чуть по делу.
При создании сайта о юзабилити похоже не думали. Увидев сайт впервые дальше главной не ушла. Где прайс? Где список оказываемых услуг? Видимо в футере. Там мне удалось найти "Ремонт компьютеров", за которым я пришла. По ссылке мне показалось вот это - http://f-reaction.ru/pcrepair/hard/. И если в футере у вас навигация, за что ее в ноуиндекс? Далее.
Зачем левое меню полупрозрачное? Почему "Установка и настройка виндовс" не кликабельна, если, судя по футеру, - это основная ваша деятельность?
Провожу по главной мышью - все креативно приходит в движение. Настолько креативно, что в глазах рябит и непонятно, где нужно остановить курсор, чтобы все-таки прочитать хоть строчку. Дикая мешанина текста, я с первого захода только через минуту поняла, чем вообще занимается сайт.
Вопрос о вкладках по продвижению - вы их с 2011 года делаете? Затянулась работа, определенно. Не будем упоминать, что ремонт компьютеров очень слабо вяжется с продвижением сайтов, что меня лично наталкивает на мысль, что ни тех, ни других услуг мне нормально не окажут. Но это неважно, просто мнение.
Я уже молчу о "Срочный выезд в течении часа!". Это финиш. С января же висит, неужели никто не замечает?
Возвращаясь к вопросу снижения позиций. У вас в индексе 269 страниц вот в таком виде: http://yandex.by/yandsearch?p=1&text=url%3Awww.f-reaction.ru*%20%7C%20url%3Af-reaction.ru*&lr=157&tld=by
Берем любые две:
http://f-reaction.ru/pcrepair/moscow/szao/293/
http://f-reaction.ru/pcrepair/moscow/uvao/314/
и видим почти полные дубли. Цены и услуги одинаковые, зачем вам две страницы? Дальше не смотрела, но заголовки намекают на то, что это не единичный случай. Благодаря всей этой благодати у вас индекс забит переспамом из тайтлов, различающихся названием области. Это не к добру. По каким запросам позиции упали? Не по "ремонт компьютеров на дому"?
Не думаю, что проблема в директе. Проблем на сайте хватает и без него. Займитесь дублями, сделайте задержку на главной при наведении меньше, просмотрите тайтлы и разберитесь с навигацией. Хрен с ними, с ПФ, но вес нужно как-то распределить.
Из футера точно меню убрать. Копирайт на 2013 изменить.
http://profmetiz.ru/karta-sajta.html - убрать джумловскую ссылку.
http://profmetiz.ru/poisk.html - несколько смущает мультиязычность.
На главной последний h2 убрать.
В каталог добавить фото/изображения товаров.
А вообще, по опыту этот стандартный заезженный джумловский шаблон сложно продвигается. Подумайте над изменением дизайна и перелиновкой (нормальные хлебные крошки не повредят).
Галерея у вас прекрасная. Может ну ее?
http://infauto.ru/poleznye-stati/tablica-shtrafov-gibdd-2007-2013.html
По какому принципу похожие записи формируются? Вы думаете мне будут интересны ссылки, которые вы приводите?
http://infauto.ru/poleznye-stati/zamena-masla-svoimi-rukami.html
Если это пишет копирайтер - увольняйте.
Ко всему прочему у вас дублируются первые два абзаца в некоторых записях.
Другие особо не смотрела, но так и не поняла, зачем мне этот сайт. Менять масло по вашей инструкции не стала бы в жизни.
Меняйте дизайн и рубрикацию - пока у пользователя без шансов разобраться в вашей навигации.