ИМХО, всегда нужно пользоваться несколькими сервисами для определения уникальности.
Пишу тексты лично, дублирую результаты Плагиатуса проверялкой на текст.ру. В принципе, из более 200 проверенных текстов только около 2% имели существенные (более 4-5%) отличия в уникальности, что не есть критично. Поэтому, сервисом вполне доволен.
Проблема разногласий может быть в том, что на Плагиатусе в любой момент можно нарваться на бан поисковой системы (они ведь активно борются с подобными сервисами, мотивируя борьбу тем, что создается большая нагрузка на их сервера), альтернативная система проверки на серверной основе (а не клиентская) может помочь вовремя определить этот прискорбный факт. Это как еще один плюс в копилку проверялок типа етекста (веб-версия) и текст.ру