Отлично, что нашел эту проблему. Расскажу про свою борьбу с этим вирусом.
Заметил где-то в июле, и то далеко не сразу. У меня хостинг агагва, и мне просто позвонили, сказали что сайт упал(не из агавы, а подруга).
Оказалось из за-того, что права в папке с скриптами поменяли на 0777.
Со временем такая хрень происходила, сам нашел выше указаный текст, удалили, надеялся, что помогло.
Но потом продолжалась такая хрень. Думал, что вирус не отрабатывает полностью, просто права переделывает и где-то сбивается.
Потом обнаружил, что заходя с телефона, идет редирект на подозрительный сайт.
Пробовал оставлять index.php состоящий из текста Hello world. Все равно директ происходит. Начал думать, что с моим телефоном, что-то не то.
Теперь почти уверен, что косяк на уровне настроек сервера. На днях буду обращаться в поддержку.