Можно решить эту проблему присвоив IP адресу другой домен по-умолчанию.
Доступен будет по любому поддомену тот домен, чей виртуалхост идет первым в httpd.conf
Файл ищите где-то здесь в зависимости от ОС:
/etc/httpd/conf.d/vesta.conf/etc/apache2/conf.d/vesta.conf
Смогу.
По Joomla могу выполнять большой спектр работ, в том числе натяжку шаблона.
Ответил вам в ЛС с 2-мя вариантами решения возникшей ситуации.
Какой шаблон стоит?
Если у вас VPS на ISPmanager, то проблема в назначенном для IP-адреса домена сайта.
Для решения проблемы создайте произволный домен в разделе "WWW домены", далее перейдите в раздел "Настройки сервера" - "Список IP-адресов" и там назначьте созданный домен в качестве "WWW-домен поумолчанию" и при переходе на чужой домен будет показываться содержимое "созданного домена", а не вашего работающего проекта.
У вас стандартный SEF включен или используется сторонее SEF расширение?
Вообще-то настраивать нужно с включенной SEF.
Если не работает, то просто что-то не то вы настраиваете.
C .htaccess файлом все в порядке?
Да, с коробки Joomla имеет такие проблемы.
Бороться постфактум если дубли создались.
Вам необходимо корректно настроить параметр rel="canonical" и проблемы не будет такой.