Можно ли это удалить запросом?

Ваш вопрос слишком размытый, чтобы на него можно было дать чёткий ответ.

Как из примера выше удалить

<li><a href="http://site2.com/doc-drugoy.pdf" target="_blank">http://site2.com/doc-drugoy</a></li>

<li><a href="http://site2.com/doc.pdf" target="_blank">http://site2.com/doc.pdf</a></li>

и вообще все строки содержащие site2.com

Где это всё хранится? Файл? База данных? Какая? Запрос какой? Регулярка? SQL?

Эти ссылки хранятся в базе в поле fulltext таблицы content

Если это MySQL в чистом виде, то замены по регулярке в ней нет. В MariaDB такое вроде было.

Вероятно, проще будет снять дамп, сделать замену, залить обратно.

UPDATE table SET fulltext = REPLACE(fulltext, 'site.com', '')

Поставляете сами ссылки начиная с li заканчивая li и готово, как один из самых простых вариантов

У меня MariaDB :))) но мысль понял спс

---------- Добавлено 15.02.2018 в 11:15 ----------

Ваш запрос сделает из

такое

Я выше добавил, как вариант всю ссылку вставлять. Можно с regexp, но нужно смотреть как данные в базе хранятся, все ссылки, теги, атрибуты однотипные или нет и тд

Тогда как-то так

UPDATE table_name SET field_name=REGEXP_REPLACE(field_name, '(.*)<a href="http://sites2\.com.+?</a>(.*)', '\1\2');

Но сначала дамп :)