Ложится сервер, в чем может быть проблема ?

Надо более детальнее смотреть. Возможно проблемы с правами доступа. Может чего с лимитами не так выставлено.

Посмотрите в первую очередь, есть ли память на сервере, а то может банально место закончилось. Команда

df -h

Возможно место на диске заканчивается, логи забивают его, после перезагрузки - появлялось и опять заканчивалось.

df -h и увидите.

А еще обычно помогает выдача прав на папку в корне /tmp

Ну либо подтюнить настройку кол-ва файловых дескрипторов в системе

Первый раз когда появилась ошибка, диск был забит на 98% кеш файлами, которые я почистил, перезагрузил сервер и все решилось.

Теперь же когда появляется ошибка - диск занят на +/- 60%

И честно скажу, помогает именно очиста кеш папки одного сайта + ребут, но дело в том, что теперь ошибка появляется независимо от занятого места на сервере (когда чищу диск занят на 64%), помогает именно очистка кеш папки, хмхм

Скорее всего пользователь упирается в лимит по количеству файлов. Или раздел упирается в количество inode-ов.

Смотрите команды "limits" и "df -i".

df -i

limits - command not found

Судя по картинке, предположение оказалось верно, у вас заканчиваются inode-ы. Ищите, где у вас склад мусора и вычищайте.

А вместо "limits" - "ulimit -a", но оно уже не нужно :)

Благодарю, нашел - оказалось это кеш файлы скрипта перелинковки Htracer

Почистил, стало значение в df -i 7%