адреса страниц.

Если сайт содержит большое количество страниц, то просто удобнее разлодить отдельные разделы сайта по папкам (директориям) на серваке. К тому же, если возникает необходимость закрыть от индексации группу страниц или раздел, то удобнее это делать, просто закрыв папку, где содержатся эти страницы

а если ничего не закрывать влияет ли это на индексацию и ранжирование?

Если не закрыть, например, результаты поиска по сайту, то могут забанить.

Не влияет. Делай, как удобнее тебе.

А после этого при изменении структуры разделов ломать голову, что делать со старыми адресами.

Но не надо забывать и об удобстве пользователя.

Также лишним не будет подумать о том, чтобы боты поисковых систем тоже чувствовали себя комфортно на Вашем сайте. Хорошая перелинковка, чистый код, прямые ссылки и т.д.