Нужно ли скрывать оглавление в <!--noindex-->?

Ненужно.

И саму статью тоже, на всякий случай.

Возможная причина закрывания (для яндекса только) не в том, оглавление это, футер или меню... а в том — повторяется ли этот контент на других страницах. И/или объём этого контента по сравнению со статьёй. Бывают же менюшки >> основного контента.

/ru/forum/215449

Не, это содержания статьи (из тегов <h2>) на информационных сайтах. Статьи достаточно большого объема, поэтому объем текста содержания, по сравнению со статьей, крайне мал.

Например, вот: http://365cars.ru/soveti/kak-uznat-model-dvigatelya.html

Ну и по всему сайту так. Содержание скрыто от индексации, не пойму зачем он это делал...

Так понял, вы про блок якорной навигации по странице

Вот именно для этой смысла может и нет, но для большинства других страниц возможно есть.

Примеры:

http://365cars.ru/soveti/chistka-drosselnoy-zaslonki.html

http://365cars.ru/soveti/ostanovka-treshhinyi-na-lobovom-stekle.html

Здесь через подзаголовки h2 по несколько раз протаскиваются ключи задействованные в тайтле и h1, что Яндекс и так, может трактовать как спам.

А в навигационном блоке они дублируются, что еще больше усугубляет.

Да, совершенно верно.

Но думаете стоит с этим заморачиваться?

Например взять teploguru.ru или otoplenie-doma.org они не чего не закрывают...

К примеру, вот http://otoplenie-doma.org/raspredelitelnyj-kollektor-otopleniya-svoimi-rukami.html

Надо/не надо, это индивидуальные решения.

Яндекс действительно нередко воспринимает такое форматирование подзаголовками каждой страницы как спам. Но санкции, это почти всегда комплекс причин.

Все ваши примеры, это качественные сайты, хорошо оформленные, проиллюстрированные, и подзаголовки там не только абы семантику расширить и основной ключ поджать. Им, еще несколько ключей в навигационной менюшке может только в корм...

В первом случае, не исключено что человек уже отгреб за переоптимизацию, и с помощью noindex уменьшает плотность, а может и превентивно поставил.

А надо оно персонально вам или нет, никто не ответит, иди знай что у вас за сайт..

А какой в этом смысл?

если оглавление слишком большое, то лучше закрыть

Как сами подлые яндексоиды используют <!--noindex--> можно посмотреть в коде страниц типа

httpsssss://yandex.ru/support/webmaster/site-indexing/excluded-pages.xml

Не нужно ☝