История одной проблемы с Яндексом. Прошу совета

Доброго времени суток!

История безумная, едва ли не детективная. Постараюсь все изложить по порядку и не упустить деталей, которые кажутся мне важными. По возможности структурирую информацию.

1) Сайт одного из наших клиентов был неплохо продвинут по целевым запросам в региональной выдаче Яндеса и Гугла, федералка - не нужна. Взявшись за его переделку, мы настроили 301 редирект на большую часть важных страниц, все сделали чин по чину. В результате, все было хорошо, из пессимизации не было, переиндексцаю выдержали, по части запросов поднялись в выдаче.

2) Спустя некоторое время начинаются сюрпризы, за которые, по всей вероятности нужно сказать спасибо предыдущим разработчикам и нашему недосмотру. При попытки перейти на сайт с выдачи Яндеса появляется следящее: "ваше подключение не защищено злоумышленники могут пытаться похитить ваши данные бла-бал-бла". Дело, как выяснилось в отсутствии протокола https, который Яндекс внезапно посчитал нужным видеть на этом сайте. Поскольку время - деньги (прежде всего, клиента), мы прибегли к наиболее быстрому и простому решению: установили требуемый протокол. Проблема решилась сразу же. Кстати, в Гугле она даже не появлялась.

Как такое могло произойти? Действующий домен http://site.ru/ (к примеру) в Вебмастере Яндекса "является неглавным зеркалом и не участвует в поиске". Некий доброжелатель, имевший доступ к кабинету вебмастера (предыдущий разработчик?) устроил такую свистопляску. Конечно, наша вина, что мы сразу же не занялись вопросами прав доступа к вебмастеру, не ожидали, теперь будем умнее.

3) Спустя очень непродолжительное время новый сюрпиз. В выдаче Яндекса на том самом месте, где еще вчера находился наш новый сайт, появляется старый под совершенно другим доменом, доступа к которому мы не имеем. Следует помнить, что большая часть контента нового сайта взята со старого, так что, возможно это теперь в глазах Яндекса аффилиаты.

Само собой, будем писать Платону Щукину. Тут правда снова проблема предыдущие разработчики черт знает чего намудрили с www., поэтому наши права на главное зеркало https://site.ru/ до сих пор не подтверждены, над этим работаем.

И так, прошу поделиться подобным удачным и неудачным опытом, способами выхода из подобных ситуаций и так далее. Просьба, писать по делу. Если о чем-то важном не упомянул, охотно допишу.