Главная страница есть в индексе Яндекса, но запросы по ней пропали из ранжирования

27 сентября 2015 г. в апдейт Яндекса вылетели из ранжирования в Яндексе запросы, которые продвигались по главной странице сайте (около 10 запросов). В индексе Яндекса главная страница осталась. Тематика - "застройщик, недвижимость". Запросы были в топ около года, никаких проблем не было до 27 сентября. По запросам, которые ведут, на внутренние страницы сайта проблем нет.

Текущие предположения, почему так случилось:

- Яндекс потерял главную из ранжирования. И все должно вернуться.

- Яндексу не понравились ключевые вхождения в тексте. Но там нет переспама.

- На сайте есть небольшая ссылочная масса, было удалено две ссылки, которые в сентябре попали под АГС. Из-за этих двух ссылок вряд ли могло случиться такое, но как версия.

Кто-нибудь сталкивался с такой проблемой? И как ее решали?