Почему разные ставки по одному ключу?

Разные объявления, разные истории доменов, разная релевантность страниц. Плюс, судя по

вторая кампания только запускается, а первая уже наработала хорошие показатели. В общем, причин много.

На самом деле, тут на форуме как грязи топиков, раскрывающих тему ценообразования в Директе. Как пример.

У вас вообще со второй кампанией может оказаться интересная ситуация)

Скорее всего одна из кампаний уже накопила какой-то CTR - поэтому цены с новой кампанией различаются, также может быть у одних и тех же ключей разный текст заголовков и текстов. Вот тут можно прочитать, как разные заголовки и тексты влияют на стоимость клика: http://blog.seodroid.ru/kak-opredelit-xoroshij-ctr-v-yandeks-direkt/