Использовать ли иерархические URL товаров?

Я бы делал первый вариант.

интуитивно тоже к нему склоняюсь, но знать бы будет ли толк, и не навредить бы в последствии самому себе

Какой толк? Это просто урлы :) Ключевик будет в названии товара.

а отсутствие название категории в урл? поисковикам пофиг, или контент решает все?

Плюс этого варианта, можно менять категории и тусовать товар по ним, т.к урл товара не зависит от названия категории.

из плюсов так же более короткий урл., возможность помещать в архив (смена категории товара) товар, а вплане сео не знаю как лучше