Одна организация - две разных услуги

никто не может подсказать?

А вы тупо следуете пожеланиям заказчика?

Или все таки изучили как будет эффективнее в плане бизнеса?

Фильтр аффилиатов распространяется только на одинаковые поисковые запросы. Если услуги разные, то и запросы разные - в выдаче будут оба сайта.

Т.е. одинаковые адреса ни чем не навредят? А как на сайте интернет-магазина лучше убрать услуги, которые были перенесены на новый сайт? закрыть в роботсе? редирект?

Внешние ссылки на новые сайты поставьте. Вес перегоните. А если закроете, то вес пропадет.

Лучше редирект 301 со всех страниц где услуги, что бы сайты не пересекались, как выше написал Mal3Tula . Проблем никаких не должно быть, разносили с одного сайта на 3, долго склеивались, но в итоге 3 сайта и все в топ 5 .

Закрыть один сайт от индексации и один сайт продвигать (улучшать). А клиенту донести что будут результаты на двух сайтах менее эффективные. Не просто менее эффективные, а гораздо менее эффективные.

intraweb, Дело даже не в продвижении. Хороший специалист бы сначала посмотрел завязаны ли услуги и товары в магазине. Например ИТ услуги и магазин компьютерной техники очень хорошо держать как раз таки вместе. Продавая комплексно.

Ну я к тому что мне не нравится решение делать отдельный сайт по части разделов и ставить редиректы или отключать на основном сайте.

Рядом сайт сделать - параллельно качественный можно. Но без редиректов и т.д. Если уберете Услуги врядли станет больше заказов.

Ну сказали же - сделайте им новый по услугам, а со старых страниц поставьте редиректы, чтобы ссылочное не потерять. И усе.