Поисковики ложат сайт

А как вы определили что это вина именно поисковиков?

Есть основания полагать, что это именно поисковики

http://nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_limit_req_module.html

В конфиге nginx:

http {
    limit_req_zone $binary_remote_addr zone=one:10m rate=1r/s;

    ...

    server {

        ...

        location /tut_vash_location/ {
            limit_req zone=one burst=5;
        }