Analytics vs Webmasters Tools - потеря трафика

Обе эти системы не отличаются крайней точностью. Не советую тратить время на подобные исследования.

У меня на всех сайтах примерно на 50% меньше кликов в вебмастере

Я конечно могу ошибаться, но разве вебмастер тулс не показывает клики только из поиска гугл? В то время как аналитика считает всех, откуда бы они не пришли.

Webit, если у сайта есть поддомены и на каждом - основном сайте и поддоменах один и тотже код(аналитика), тогда выводится общая статистика по всем. Смотреть нужно в настройках.

Клики не равно сеансам.

Возможны переходы, которые не учитываются кодом счетчика...

Самую точную инфу дадут веб-логи, гляньте их, например, аналайзером Awstats. Как альтернативу поставьте другой счётчик типа Clicky или Histats.

Раз зашла такая пьянка: а зачем вы вообще тулзами пользуетесь? Вообще туда не захожу или захожу очень редко

у гугли вообще странности с точностью данных.

Пример1 - есть 2 сайта. На обоих стоит ГА. Один льет трафф на другой. В ГА сайта1 показывает, что на сайт2 перешло Х посетителей. В тоже время в ГА сайта2 показывает что с сайта1 перешло Х/2 посетителей.

Пример 2 - есть блог на блогспоте. Всего 2 поста. Различие ГА и статсы самого блогспота в 5 раз. Я понимаю, что на блогспоте показывает не уников, а PageViews. Но все же на блоге всего 2 поста :)

ну на ошибки посмотреть, например, поискать битые ссылки. я заметил что Я и Г зачастую выдают разную инфу по ошибкам сайта.

Зачем, если можно всё софтом красиво чекнуть?