Полная смена дизайна и навигации сайта

С чего вы взяли что поисковые позиции должны просесть? Перерисовываете шаблон и меняете его.

УРЛы менять не советую, постарайтесь сохранить. Если менять и сами пути, то приготовьтесь к изменению позиций, т.к. стат вес в итоге будет по-другому распределяться.

Человек же ясно написал, что собиратеся сделать полную смену дизайна и навигации.

Возможно у него сложный web сервис или портал с множеством различных типов страниц.

А не просто блог где всего 2 типа страниц 1) Список статей 2) Статья - в этом случае да - можно было бы просто "Перерисовать шаблон".

ТС, да скорей всего в вашем случае просадки поискового трафика не избежать.

Но скорее всего она со временем вернётся, если поработать над внутренней оптимизацией для новых макетов.

Постарайтесь всё же сохранить хотя бы общую структуру навигации

Сохраняйте структуру сайта, хотя бы технически. Тогда не возникнет проблем.

Дополнительная структура и навигация по сайту не нанесет вреда.