Языковая версия

Давайте я поищу за вас:

Сначала запрос в google: 'геотаргетинг google site:google.com'

Потом запрос в google: 'мультиязыковые и мультирегиональные сайты site:habrahabr.ru'

Изучаем инфу с полученных трастовых источников:

Геотаргетинг в Гугле

Мультирегиональные и многоязычные сайты

Разбираемся с построением мультирегиональных сайтов

А потом уже, что непонятно - можно и нужно спросить, на конкретику отвечают охотнее и обычно без флуда.

+ Рекомендации по переводу сайта на новые языки

Предпочитаю вариант 2.

И жирок оставляем и траст домена остается на обоих версиях...

Можно использовать и первый и второй вариант, гугл к ним одинаково относится. Но тоже склоняюсь ко 2 варианту.

Ок, а как насчет варианта site.com - версия для ранжирования в рускоязычной части стран (украина+снд) и site.com.ua (полностю отдельный сайт) - укр версия. Дать взаимный сквозняк с обоих сайтов для понимания гугла как укр и рос версии одного сайта.

Сквозняка как бы не очень-то и нужно. Юзайте hreflang ☝ Работает для Гугла и Яндекса. Бинг (и, соответственно, примкнувший к нему Яху) не поддерживает, но при этом зорко бдит на мета тег "content-language".

Кстати, у Яши неплохо разжеваны методы применения аттрибута hreflang, почитайте:

http://help.yandex.ru/webmaster/yandex-indexing/locale-pages.xml