Супротив воли зазеркалили!

Саппорт рекомендует обычно запрет индекса через роботс.

Типа, расклеится из-за "несхожести" контента.

Но вот срок этой расклейки - большой вопрос.

в роботсе прописали директиву host ?

Да, хост прописан был с самого начала. И проблем вначале не было. Уже в ТОП было вошли. А потом... Хлоп и все.

ValD, а что именно запретить? Я немного логики не улавливаю. Запретить региональный сайт? И подождать пока его из индекса уберут? А потом заново проиндексируют, а там, типа новый контент. Так?

если телефоны и адреса разные - тогда пишите Платону, чтобы вручную сняли зеркало.

(но если телефоны например одинаковые - то Платон откажет)

Roman77, разные само собой. На главном - РнД, на субдомене - Екб. Екб дублируется на вкладке Филиалы. Но это же не критично.

Может имеет смысл сначала переписать весь контент, а потом писать? Структура у сайтов идентичная на 99%.

сначало отпишетесь Платону, он укажет на ошибки, если будут косяки с вашей стороны

Да, в корень поддомена закинуть robots.txt с содержимым

User-agent: Yandex
Disallow: /
Host: поддомен.домен.ру

User-agent: *
Disallow: 

Ну или какие у вас там запреты.

Яндекс получит запрет индексации, сайты станут не совпадать и рано или поздно расклеятся.

После расклейки запрет снять, пусть индексируется заново (и не забудьте добавить в Я.Вебмастер поддомен).

Вам в любом случае стоит написать в техподдержку, возможно, там помогут чем-то ещё.